Nella stessa sede è ospitata anche la sezione archeologica “Giuseppe Oggionni”, aperta nel 2009. Oltre a una serie di reperti ritrovati sul territorio la sezione è il luogo ideale per conoscere la storia di Treviglio attraverso ricostruzioni, plastici, documenti originali, video e strumenti interattivi. È presente anche una tomba gallo-romana rinvenuta nel centro storico di Treviglio e qui ricostruita.

Nel Museo Archeologico è presente uno spazio laboratorio con materiale a disposizione dei più piccoli per sperimentare, divertirsi e assaporare l’esperienza museale a 360 gradi.